了南京的都城地位，并保留了一套中央机构，而在这些机构中任职的官员，皆是养老或者受排挤的大臣，而且大都只是挂名、并没有实际职权，权力远不如北京的衙门机构。
然而，即使如此，南京诸衙门仍然具有一定职权，尤其是南京六部，职权更是不可小觑。
南直隶地区所辖的三州十五府，相当于后世的江苏安徽两省及上海之地，但境内却不设布政司、按察司、都指挥司，三司职权皆是由南京六部负责，如此一来，苏长畛虽然身为南直隶巡抚，但手中权力却被南京六部分去许多，又时常受到南京各衙门的指手画脚，对此自然是心中怨怼。
其实，何止苏长畛对此心生怨怼就连赵俊臣也是因为南京六部的存在而感到如梗在噎
在南京六部之中，南京户部与南京兵部的权势尤大
其中，南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮这四地所交税粮几乎占了明朝所有税粮的一半同时还负责漕运、全国盐引勘合以及全国赋役黄册的收藏和管理。
虽然，南京户部所征收的税粮以及漕运、盐引之税，最终依然会交给北京户部，但南京户部的存在，对于赵俊臣而言依然是极大的分权，如今赵俊臣已是将户部视为禁脔，对此又如何可以忍受
赵俊臣一直认为，如今国库的钱粮周转之所以这般困难，很大程度上就是因为南京户部的存在，南京户部负责着明朝最富裕的地方与行业的税收，然而每年交给国库的银粮却总是不如人意，赵俊臣多次想要收回南京户部的漕运、盐引之权，但因为重重阻碍，却又一直无法成事。
事实上，赵俊臣通过楚嘉怡交给太子朱和堉的那一份商税改革折子，除了陷害太子朱和堉之外，很大程度上也是为了动摇南京户部的地位，此外，当初赵俊臣支持晋商开发川盐，除了想要获取晋商们的支持，以及转移晋商们的注意力，避免他们如历史上一般投靠建州女真之外，也是为了削弱南京户部的优势。
可以说。对于南京户部的权职，赵俊臣早已是虎视眈眈了许久。并为此而设计了许多谋划，这次伴驾南下。也是存着试探南京六部虚实的心思。
当然，这般想法，在赵俊臣的脑中只是一闪而过，神色却是丝毫未变对于南京六部，虽然赵俊臣与苏长畛立场一致，双方有合作的空间，但赵俊臣却不愿意让苏长畛看出自己的想法，相比较双方合作，赵俊臣更希望苏长畛求助于自己。这样赵俊臣才可以掌握主动权。
在官场上，所谓“主动”与“被动”，许多时候只是在比较耐心罢了。
所以，赵俊臣只是笑道“是啊，南直隶繁华之地，辖区又大，更还有南京诸多衙门，有这么多官员前来迎接圣驾，也是应该的。却不知这些官员之中，又有多少位是代表南京而来的”
苏长畛摇了摇头，道“怕是不少，陛下驾临南直隶。这般大事，南京那些衙门理应都会有一二位官员作为代表迎接圣驾。”
赵俊臣又问道“那么，苏巡抚可知道。代表南京各衙门前来迎接陛下的诸位官员，会是以南京的哪位大人为首”
苏长畛依然摇头。神色间闪过一丝阴鸷，说道“这个我可不知道。南京各大衙门办事，却很少向我通报消息。”
赵俊臣又是一笑，却不再多说什么了，一来是赵俊臣已是试探明白了苏长
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