恢复明朝票拟旧制，又与大学士谢升等议定郊社、宗庙乐章。他屡次受诸言官弹劾，期间曾罢官，后复出。
顺治十三年，冯铨以年老加太保致仕，但仍留在清廷以备顾问，其后经奏请皇帝批准回到原籍。
顺治十六年，改内三院为内阁，清廷命其以原衔兼中和殿大学士。
康熙十一年十一月初二日，冯铨卒于家中，享年七十八岁。
康熙十二年正月，赐谥文敏。乾隆朝将其列入贰臣传乙编，并追夺其谥。
冯铨少年得志，入仕翰林，而且容貌俊美，与缪昌期为首的很多词臣发生了男和男的关系。
然而等到他父亲冯盛明被弹劾时，冯铨向缪昌期等人苦苦求救，并更加亲昵，可是缪昌期不但不救，反而当众羞辱冯铨。冯铨由此与缪昌期及其所属的东林党结下梁子，后来投靠魏忠贤，竭力报复。
其“姣媚”连魏忠贤都怜惜，而他在魏忠贤专权期间则与锦衣卫田尔耕最为亲昵，田尔耕在冯铨之母面前也表现得如同“娇婿”一般。
冯铨热衷于打扮，每次入朝值班时，衣箱内都会带着两三双靴子、数件鲜艳衣服，走在路上时频频刷靴下尘土，还会多次自顾其影，镜子也不离身，官帽补服极其奢丽。他还极爱收集古玩，他的寓所中充斥着古董、玩好、奇书、珍玉，还有许多嬖妾、清客狎友。他所置田园都是膏腴之地，而花木之奇远超紫禁城，藏了很多宝贝，堪称“畿甸第一家”。
天启朝的御史张慎言也称冯盛明、冯铨父子“运材紫荆，伐石房山，田园甲第，富甲南畿，怨毒之于人甚矣”。
入清后，冯铨的豪奢丝毫未改，明遗民谈迁曾在北京目睹了位于天坛北面的冯铨府邸“凿池蓄朱鱼，亭台鼎立”。
等了两炷香功夫，皇帝才在魏忠贤的陪同下到了平台。
“吾皇万岁万岁万万岁。”韦宝与几名大臣一起跪下行礼。
“免了，都起来吧。”天启皇帝朱由校依然是一副病恹恹的样貌，由魏忠贤搀扶着，在龙椅上坐下。
韦宝和几名大臣一起站起身，恭恭敬敬的垂手而立。
“韦宝，朕听说你今天出尽了风头啊，都察院和大理寺的差役居然将锦衣卫的人都给打了而且打了几百锦衣卫，还是堵在北镇抚司衙门口打的”朱由校问道。
韦宝一惊，暗忖皇帝消息得到的这么快这应该是魏忠贤直接汇报给了皇帝知道吧
这回可是将魏忠贤也得罪惨了，不知道魏忠贤会不会因此而对付自己韦宝知道，回到辽西，他自保无虞，但是在辽西辽南之外，魏忠贤想整死他，并不困难。
“陛下，微臣赔罪了，实在是当时情势所逼，是次辅朱延禧大人下令让我的人动的手，并非微臣本意。而且，也是锦衣卫的人先动的手。他们的确没有权力随意拘拿杨涟左光斗等官员的亲眷，这样会造成京师诸多官员更加人心惶惶。”韦宝推脱道。不是韦宝敢做不敢当，事实的确如此，他没有必要出这个风头。
韦宝这话，既是说给皇帝听的，也是说给魏忠贤听的。
韦宝看了眼魏忠贤，魏忠贤寒着脸，没有一点表情。
韦宝发现，在皇帝面前，其实魏忠贤是很少说话的。
在皇帝面前，魏忠贤很像一个恭恭敬敬规规矩矩的老太监，甚至有点不起眼。
但是一旦不和皇帝在一起，魏忠贤就开始威风起来
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