反击篇
参加体育祭的中途，恢复记忆的审神者刀剑乱舞不知真实姓名接受了来自昔日旧敌的邀请，加入反afo同盟。
在体育祭结束后第三名，演了一把爆豪胜己，刀剑乱舞通过绿谷出久介绍认识了a班同学，并察觉到八百万百拥有实体化物品的能力，在周末邀请其到租住仓库道场后，试验并获得成功，当天近侍厚藤四郎获得刀剑实体，可以天天见了。
与纸锋射手艾基修特职场体验期间，忍者x武士搭配，合作愉快在与反afo同盟众人地下会面的同时，也结识了敌联盟死柄木弔众人，当日近侍小乌丸察觉到时间溯行军气息，并转告了多年前宗三左文字亦察觉到的时间溯行军痕迹。
与此同时已获得实体的厚藤四郎与斯坦因交手，被对方觉察到厚藤四郎不是人类。
斯坦因在战斗后将这一情报透露给敌联盟。
最终反afo同盟失败，引石及同伴激发个性被afo夺去，早已被夺去个性的荆棘被afo嘲讽后放走。
“爬走吧，你也不过是世界脚下的蛆虫而已，用你的痛苦取悦她。”
反击篇结束。
溯行篇
afo疑似与时间溯行军合作，刀剑乱舞陷入孤军奋战。
“时间溯行军”以及“刀剑男士”的概念本来就不可被世界内的人物得知，但是b班同学敏感的察觉到了刀剑乱舞背后的阴影。
新出现的脑无中含有时间溯行军的气息，刀剑乱舞在最终之战中找到机会查看脑无水柜。
发现时间溯行军遗骸，同时afo对决ofa时出现了“夜刀神”污秽大地的个性。
确定时间溯行军被afo夺取“个性”。
“他们想改变这个世界，多么可笑啊，他们最终只改变了我。而今如你所见，这些残骸都在这里了。”
刀剑乱舞通过灵力联通，察觉这个世界时间已被afo封锁，独立出时政控制。
且因时间封锁，导致afo获得个性共存，afo对此不知其所以然，只发觉人类无法两个个性共存。
和时间溯行军血肉改造的脑无则可以共存个性。
b班同学合力拖住发狂的溯行军和脑无半成品，刀剑乱舞获得时机和同学一起干掉他们。
afo进入监狱。
最后的时间溯行军亦被刀剑乱舞净化。
溯行篇结束。
消失的审神者篇
刀剑乱舞本日近侍不动行光极，未获得实体执行任务时被不明针剂注入，身体中刀剑乱舞的意识体消失，只剩下不动行光极的意识。
不知所措的小酒鬼回道场仓库和获得实体的众多伙伴商讨对策。
无果，求助b班班主任此世界脱离时政监管，刀剑男士保密协定失效。
小酒鬼，校长，班主任以及欧尔麦特在办公室会谈，询问初入世界经过后得出猜测。
即审神者意识本身为个性作用下存在，消除个性后“审神者”消失。
小酒鬼无法接受，职业英雄纸锋射手恰好此时联系刀剑乱舞小酒鬼，小酒鬼得知了死秽八斋会是消除个性药剂的始作俑者。
小酒鬼独自行动。
其余获得实体的刀剑男士也开始各自行动，鹤丸国永以及今剑极暗中保护跟踪小酒鬼。
最终在地下实验室见到了伤痕累累的坏里。
在战斗过后，小酒鬼在废墟之上请求坏里用个性让审神者回来。
被告知其个性为回溯到其过去最早的存在方式。
即小酒鬼从灵力产物回溯为本体付丧神。
最终也未能将审神者换回。
“我以为她一直都会在这里如今告诉我这只是幻影而已吗”
消失的审神者篇结束。
永远的记忆
监狱中的afo搞事传递信息给刀剑男士们，称其有时间溯行军的力量，可以帮助他们改变历史。
改变刀剑乱舞被药物注入的瞬间。
刀剑男士警惕心爆表，但是依旧飞蛾扑火。
afo监狱外的手下利用图像视频欺骗雄英，让他们误以为刀剑乱舞已经投入地方，但他们忘了雄英校长和老师已知实情。
于是各方将计就计，官方试图趁此机会一网打尽，而afo背地里也试图打尽他们来颠覆世界。
最终afo达成目标，他恶意释放出大量的时间溯行军个性试图吸引时间流之外的溯行军同类，却意外的吸引到了检非违使。
检非违使将他咔擦之后转头面对刀剑男士，然后走了。
刀剑男士严阵以待却被无视，百思不得其解，之后察觉到自身已属于这个世界的一部分，被检非违使承认。
刀剑男士们想救主人于是来到新世界，却在主人的帮助下获得在新世界存在的权利。
其后三日月宗近发现了刀剑同伴们身上的灵气，察觉到审神者依旧在，只不过他们交换了存在方式而已。
三日月宗近将实体存在交给了审神者，自己退为灵力本身。
审神者回归，雄英校长送给她一箱子礼物，都是刀剑本体的仿制品。
于是所有刀剑男士都获得了实体，包括三日月宗近。
“她在阳光下的笑容，在我看来比春日的早樱更美。”
“接下来的时光，还请您多关照了。”
永远的记忆篇结束。