白文选部协同艾能奇部攻打曲靖旧城；但两城明军依旧据城死守，与大西军反复争夺，由此展开了耗时月余的城池攻防作战曲靖之战，从明弘光四年五月初一开打，一直打到了当年的六月二十二日。
当曲靖府城明军仅剩下万余兵马、石城城内完好无损的明军仅余2000、沾益州明军只剩下千五能战之士的时候，张献忠部却因为兵粮不济，及后方动乱加剧的问题，突然放弃了继续进攻，主动向昆明方向撤退了导致张献忠部被迫放弃即将到手的胜利果实，突然撤退的诸多因素中，最重要的两个原因分别是，其一，曹旭部出寻甸，向昆明展开虚张声势的进攻后，却在途中意外收编了大量地主土司武装，进而将兵力扩充至万人规模，切实对昆明城产生威胁，并有可能导致张献忠部的后路被截断，最终被封闭在滇东地区；其二，在攻打曲靖的过程中，张献忠部前后损失超过6万，军心动荡不已，本也无力再打下去了。
张献忠部这一退，立刻引起了连锁反应，大量献军在云南本地招募的军士纷纷逃离献军，等到张献忠退回到昆明时，刚刚撤退时还有90000的大西军仅剩下了不足3万人，而衔尾追击的明军却在汇合后，保持了近4万人的兵力，且士气高昂，远胜于张献忠所部，这就迫使张献忠放弃昆明，向西转移，与孙可望、冯双礼部汇合。
张献忠与冯双礼、孙可望部汇合后，总兵力上游7万人，但兵粮依旧不足，反观明军，在控制了昆明后，一方面各地拥明武装纷纷前来投靠，另一方面又吸纳了大量的献军溃兵，实力膨胀到了8万人左右，这就迫使张献忠部放弃了反攻云南府的计划，一路退回到了大理境内。
见到张献忠连楚雄、武定等地都放弃了，一众明军将领及云南士绅便鼓噪着穷追猛打，彻底消灭张献忠余部；好在，路振飞和赵光远这两名云南当地的最高军政长官在一片狂热中保持了冷静，深知眼下明军实际是样子货的他们，忍住了一战功成的贪欲，在收复姚安、楚雄后，便停止了进攻，转而在恢复云南生产、生活秩序的同时，开始对芜杂的军队进行整顿、训练和重编。
由此，云南的战事暂时告一段落
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