扬州刺史臧旻向朝廷表奏军队立功的情况，朝廷下诏任命孙坚为盐渎县丞，几年后转任盱眙县丞，后来又转任下邳县丞。
中平元年（公元184年），黄巾军首领张角在魏郡起事，假托得到神灵指示，要他派遣八位使者以太平道教化百姓；
但暗中却相互勾结，自称“黄天泰平”，阴谋叛乱。同年三月，黄巾军三十六个据点的叛军突然发起行动，
天下百姓纷纷响应；黄巾军纵火烧毁郡县府衙，杀害当地长官。朝廷派遣车骑将军皇甫嵩、中郎将朱儁领兵前去讨伐。朱儁
上表请求任命孙坚为佐军司马，协助自己讨伐黄巾军。
当时随从孙坚在下邳县的同乡年轻人，都愿意继续追随他。孙坚在各个商旅之中招募勇士，
又在淮水、泗水一带招募士兵，得到千余人。孙坚率部与朱儁合兵一处，并力奋击黄巾军，
叛军不能阻挡。汝水、颍水一带的黄巾军被迫无奈，只好逃到宛城（今河南省南阳市境内）死守。
孙坚率兵独当一面，登上城墙率先攻进城内，随后大军赶到，将叛军打得大败。朱儁将作战情况上报给朝廷，孙坚因功升任别部司马。
先前，边章、韩遂在凉州作乱，朝廷派中郎将董卓率军前往讨伐，却无功而返。中平三年（公元186年），
朝廷派司空张温代理车骑将军职务，率大军西征讨伐边章等人。张温上表请求派孙坚做自己的军事参谋，
大军驻扎在长安。张温拿出皇帝诏书征召董卓，董卓却拖了很久才来拜见张温，张温指责董卓怠慢，
董卓回答应对时言语很不恭顺。当时孙坚在坐，走上前去对张温耳语，建议他以董卓应召进见不守时为由，诛杀董卓。
张温认为董卓在西凉素来很有威名，如果杀了他，军队在西凉就没有依靠。孙坚再次劝谏，
认为张温亲率大军西征，不需要依附董卓；孙坚列举董卓的三条罪状：其一为藐视上级，
其二为征讨叛军不尽力，其三为应召拖延，态度傲慢；孙坚又拿司马穰苴[
斩杀庄贾、魏绛处死扬干两件事举例，建议张温诛杀董卓立威。张温还是没有行动，孙坚只得起身离开。
边章、韩遂等人听说朝廷大军前来征讨，部下纷纷逃跑离散，请求投降。
大军撤回后，朝臣议论认为军队并未与敌人交锋，所以不进行封赏。
但是朝臣们听说孙坚曾列举董卓的三条罪状，多次劝谏张温诛杀董卓，无不赞叹，于是朝廷任命孙坚为议郎。
中平四年（公元187年）十月，长沙郡贼首区星自称将军，聚众万余人叛乱，四处攻打城池。
朝廷任命孙坚为长沙郡太守，孙坚到任后，确定平叛的战略计策，亲自率领将士经过一个月的讨伐，
击溃叛军。又有周朝在零陵郡起兵反叛，郭石在桂阳郡起兵反叛，与区星互相呼应。孙坚于是率部跨过郡县的边界前往征讨，
平定叛乱，让长沙、零陵、桂阳三个郡县的秩序恢复平静。朝廷追评孙坚前后的功劳，封他为乌程侯。
汉灵帝驾崩，董卓专权擅势，在京城任意横行。汉献帝初平元年（公元190年），后将军袁术、
冀州牧韩馥、渤海太守袁绍、陈留太守张邈、奋武将军曹操等人纷纷举义兵讨伐董卓，推举袁绍为盟主，
孙坚也在
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