运、祗应、公廨、皂隶之制，悉以任之”，职同军需后勤部门。
元朝的军事戍防，大体可分为中央宿卫制和地方镇戍制两大类。入元以前，蒙古大汗的宿卫是由怯薛担任的。怯薛制度起源于游牧贵族的那可儿伴当、亲军。与汉地中央禁军不同，怯薛在草原游牧社会中，不仅是大汗的亲卫，还具皇室家务干部、质子营、贵族子弟训练学校等性质。蒙古汗国军政官员大多由怯薛出任，因而怯薛又有汗国中央政府的功能。
作为皇权的干城，侍卫亲军受枢密院直辖。其功能大致有以下几项第一，作为常备军，防守两都及附近地区。第二，作为控御地方的中央武力，逢有反叛，出征讨伐。第三，非军事时期，屯田自给军食，减轻国家负担。第四，承任两都营建、修缮等劳役。这不仅成为元廷加强民族间制衡的力量，而且为色目权臣在政治舞台上崛起打下了基础。
入元以后，怯薛权力大为削弱，但作为蒙古传统的皇家卫士之角色依然存留，并受特殊优待。怯薛设长，分四班轮值，并负责宫城守卫和帝室警卫。与侍卫亲军不同，怯薛不隶于枢密院而直属皇帝。不过怯薛也失去了蒙古国时代的大中军功能，非皇帝亲征，很少出征，其军事作用在于与卫军相互制衡。而怯薛与侍卫亲军构成的中央禁军又是控制地方镇戍诸军的平衡力量。
与宋朝“强干弱枝”政策不同，在保持中央精兵的同时，基于治安和国防的需要，元朝在内地重镇及边远要塞派驻了大量军队。忽必烈与谋臣斟定全国镇戍规模，命宗王将兵镇边徼襟喉之地，而河洛、山东据天下腹心，则以蒙古、探马赤军列大府以屯之。淮、江以南，地尽南海，则名藩列郡又各以汉军及新附等军戍守，又根据区域、军队的分布，划分若干镇戍区。
所谓汉地，主要指原金朝辖境而言，即河北、山西、山东、河南、辽东、陕甘等地，还包括了四川。灭宋以后，元以宋境为新拓疆域，江南又系当时经济中心，统军大帅伯颜等人审地理之宜，据军事布防需要，拟定留六十三处屯兵所，然后由此分兵，四出镇守。
按元朝镇戍兵力分布，江南因原宋都所在，又是经济发达、人口稠密地区，故置重兵戍守，由宋朝降兵组成的新附军大都驻扎在此。而华南兵力相对较弱，所以遇有反元势力崛起，元廷往往抽调江南兵力支援，以致有时江南兵力为之削弱。
元朝军政建置中镇戍作用的突出是因为元朝在征服汉地、南宋以后，许多地方对异族统治并不认同，反抗活动不断发生，加上元朝在以往所谓羁縻地区推行直接统治，引发当地部族首领激烈反抗；在江南地区过度聚敛则激化了当地的社会矛盾。上述情况的发生使元朝的统治处于不稳定状态，因而军事镇戍对元朝统治者来说无疑是必要手段。而为加强对辽阔境土的有效控御，根据蒙古传统的分封习俗，元朝还建立了宗王出镇制度。
所谓宗王出镇，即宗王受封某地，负责该地区镇戍征伐，并代表朝廷监临当地军政。其实这种受封并非实封，是封藩不治藩，仅取“封建之余意”。他们的主要职责在于军事镇戍。所以从名义上讲出镇宗王为镇戍区最高军政长官，但地区行政并不归其管领，行政由行省地方官员掌握。二者的分工在于，出镇宗王重在统军镇戍，而地方行
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