王用天皇是擅用天子尊号，僭越已极，礼部对此事极为愤怒。
面对大明的申斥，倭国朝廷也很快上疏为自己辩白，他们声称天皇乃是倭国自古以来的叫法，绝不是有意僭越的，为了证明这点，倭国还详细向大明介绍了自己的家谱，倭国声称，天皇的称呼，在天武天皇制定的《飞鸟净御原令》中就有出现。自第一代神武天皇起直至第三十三代推古天皇，可追溯到两汉之前，绝不是倭国有意僭越的。
而至于倭寇问题，倭国朝廷对此也予以了解释，他们声称这些倭寇都是倭国境内的亡命之徒，在本国也是罪犯，所以逃窜到大明沿海，倭国朝廷对此深感愧疚，愿意鞠躬九十度以表达抱歉。
至于不朝贡等事，他们辩称是由于倭国国内不消停，海上也贼寇四起，所以实在是心有余而力不足，面对倭国朝廷的诡辩，大明使臣并没有多废话什么，大明并非对于倭国内部的情况不了解，大明也知道所谓的倭国朝廷，实际上就是个空架子，比汉献帝都不如的东西，大明之所以要特意遣使倭国朝廷，对于这个毫无卵用的倭国朝廷加以申斥，实际上政治意义更大一些。
大明就是要坐实大明和倭国的宗藩关系，因为之前大明的倭国的宗藩关系始终是不太明确的，洪武元年，太祖皇帝“遣使颁诏报谕安南、占城、高丽、日本各四夷君长”，很快，安南、高丽等国纷纷遣使朝贡，恭贺新生的大明帝国，唯独倭国没有前来，在洪武一朝，大明和倭国基本上没有什么往来。
直到永乐朝，幕府将军足利义满接受博多商人肥富的意见，以“日本国王臣源义满”的名义，遣肥富和僧人祖阿携表文向明朝朝贡。成祖十分高兴，认为有蛮夷来朝，是作为天子之德的铁证。因此立即册封源道义（足利义满）为日本国王，赐日本国王之印，发给堪合符，明朝正式与倭国建立宗藩关系。
但是和大明建立宗藩关系的事室町幕府，而非倭国的天皇，虽然幕府是掌握实权的，但是天皇才是倭国名义上的最高统治者，说白了，倭人之所以这么干，就是其内心的不恭顺，天皇并没有向大明称臣纳贡，去僭越之号，而是以幕府将军领所谓的日本国王，既要和大明通商的好处，又不行向大明称臣罢了。
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