大的“生物能消解脉冲炮”更是让许多防御薄弱的星球陷入了危机。一时间，宇宙中炮火纷飞，光芒与能量交织，无数的星球陷入了战火之中。
联盟组织迅速组织起防御力量进行反击，各文明的联合防御舰队协同作战，凭借着对多元维度空间环境更为熟悉的优势，巧妙地利用维度空间的特殊能量波动，设置了一些能量陷阱，让“耀光”文明的部分战舰陷入其中，暂时失去了战斗力。同时，联盟紧急调配了一批新研制的“维度空间干扰弹”，这种武器能够在局部区域扰乱敌方战舰的空间相位护盾，使其出现短暂的防御漏洞，为己方的攻击创造机会。
“暗影”文明则带领着他们拉拢的中小文明势力，采取了游击战术，在宇宙各处对联盟的后勤补给线以及一些科研基地发动突袭。他们凭借着出色的隐匿能力，常常能出其不意地给予打击，让联盟一方防不胜防。许多正在进行中的重要科研项目被迫中断，资源运输也受到了极大的阻碍，联盟面临着前所未有的巨大压力。
在战争的过程中，各文明也在不断地升级自己的武器装备和作战策略。“耀光”文明开始尝试将维度晶核的能量运用到一种名为“空间撕裂炮”的新型武器上，这种武器一旦发射，能够在瞬间撕开维度空间的壁垒，制造出强大的空间乱流，对敌方舰队造成毁灭性的打击，不过其副作用也很明显，容易对周边的宇宙生态环境造成难以修复的破坏。
联盟一方则加紧研制出了“反相位能量护盾中和器”，专门针对敌方的空间相位护盾，能够在一定范围内中和护盾的能量，使其失效。并且，联盟开始训练一批特殊的“维度空间突击队”，他们能够借助维度空间的特殊通道，直接潜入敌方战舰内部，进行破坏和干扰，给敌方带来极大的恐慌。
资源争夺与维度空间控制权抢夺
随着战争的持续，各方对于资源的需求越发迫切，尤其是那些蕴含着维度晶核以及其他珍贵资源的维度空间，成为了争夺的焦点。
“耀光”文明凭借着强大的军事力量，强行占领了几个重要的维度空间入口，派遣大量的开采队伍进入其中，疯狂掠夺维度晶核以及其他特殊物质，全然不顾这种过度开采对维度空间生态平衡的破坏。