“被多征税或重复征税的企业和个人，可以保留税收凭据，在税务申报时申请退税。”
“太府寺要专门留出一部分税款，退还重复征收的部份。”
这无疑加大了太府寺的工作量，虽有很多大臣赞同，太府寺卿董应举却询问道：
“工商税是和地方分享的，朝廷这边退了，地方要不要退？”
“如果都退的话，事情太繁琐了，朝廷和地方都要增加很多官吏。”
朱由检眉头一皱，同样感觉棘手。因为现在是个完全靠人力的时代，太府寺现有的官吏根本不足以支撑如此复杂的退税。
毕自严出主意道：
“不如不退税款，而是开出税票。让被重复征税的税款，用于抵扣下一年度税务。”
“这样朝廷也不用专门留出资金给他们退税，有更多的钱能用。”
这个办法有的人赞同，有的人则提出质疑：
“这种税票被人伪造怎么办？那样岂不会偷税漏税？”
“有人拿着税票抵扣了，某地、某年的税收岂不大受影响？官员的政绩要怎么算？”
“还有官员故意重复征税，给后来者挖坑怎么办？”
这显然牵扯到很多问题，朱由检听着他们的讨论，总结道：
“抵扣税票这件事要慎重，最好是太府寺和地方衙门一起开，降低伪造可能。”
“或者向他们支付国库券，作为朝廷欠他们款项的证明。在国库有钱后再支付，并允许用国库券抵税。”
“至于官员考核的问题，可以把抵税单列，加强相关统计。对重复征税比例高的、抵扣数据异常的，都要严加审核，追究相应责任。”
这样无疑又增加了工作量，但是国库券这个说法，却让董应举眼前一亮，说道：
“国库券是国债吗？”
“就像东平伯国发行的债券？”
朱由检道：
“类似国债，但是利率更低甚至不给利息。”
“允许在证券交易所流通，券上标注使用年限，限期完成兑付。”
“如果急需用钱，还可以在银行抵押贷款。”
这显然比直接开具抵扣税票更好用，可以让急需用钱的人拿到钱，国库也有更多的腾挪时间。董应举道：
“臣以为发放国库券更可行，但需要太府寺和地方一起验证。”
“地方来回京城一趟就是几个月，对这种事情根本无法及时处理。”
“臣以为应当仿照太仆寺、卫尉寺，在各地设立行太府寺。”
司农寺卿翟凤翀闻言，同样提出请求，认为各地仓储转运事务繁重，应该设立行司农寺。
显然，在太仆寺、卫尉寺设立地方机构扩大权势后。太府寺和司农寺不甘落后，打算同样扩权。
朱由检也打算加强对地方的掌控，设立制衡地方衙门的派出机构。他盘算了一下九寺的情况，向群臣道：
“九寺负责的是专门事务，这些事情专业性强，原则上要进行垂直管理。”
“太仆寺原本就在各地有行太仆寺和苑马寺，锦衣卫也在地方有人，所以太仆寺和卫尉寺才率先设立地方机构，对所辖事务直管。”
“礼部督导的太常寺、光禄寺、鸿胪寺、宗正寺现在没有多少事务，暂时由地方礼法机构负责就行了。”
“剩下的太府寺、司农寺、少府寺都和财政有关，你们议一议如何设行署？”
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