钱谦益也说道：
“陛下，武宗正德皇帝所用年号，便是源自《大禹谟》。”
“《古文尚书》或有不实之处，却不可能完全是伪经。”
“孔安国、梅赜，写不出这种经文。”
朱由检听着群臣的想法，装作若有所思的样子，向他们道：
“那么你们以为，《古文尚书》是真的”
“梅鷟对金城的质疑何解”
“这个地名，可是在孔安国死后出现的。”
“应该如何解释”
这个说法，有的臣子没有听闻，却也有人看过《尚书考异》。
这部书的作者梅鷟是正德八年举人，曾任南京国子监助教。他从语句、文体、史实及传授源流等方面，一一发掘《古文尚书》的出处，将宋人的怀疑落实到学术层面。
在朱由检命人取来《尚书考异》让群臣一同观看后，这些人纷纷皱眉，认识到古文尚书存在的矛盾。
虽然从这一点质疑不可能完全推翻古文尚书，但是若说古文尚书一点问题都没有，却是谁都不信。
钱谦益试着解释道：
“这些错漏，或是后人流传时所加。”
“《古文尚书》的来源，应该是古简。”
仍旧维护古文尚书，不认为它是伪作。
朱由检同样不想完全否定古文尚书，因为它已经完全融入儒家，成了当今儒学的一份子。
他之所以要把古文尚书分出去，不过是为了避免将来被证伪后，对他要确立的新儒学带来冲击而已。
所以他对钱谦益的这个说法很赞同，神色沉着若有所思地道：
“如此说来，古文尚书应该是来自散乱的古简，或者先秦典籍引用的《尚书》内容。”
“孔安国、梅赜等人将其重新编次，又加上了一些文字，故而出现错漏。”
“像是‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’这十六字，你们说来自哪里”
这个问题，钱谦益恰好探究过。
因为他奉命撷取法家精华融入实学，研究过荀子的学问。
此时他就回道：
“‘人心惟危，道心惟微’，当是源自《荀子》。”
“《荀子》曰：昔者舜之治天下也，不以事诏而万物成。处一危之，其荣满侧；养一之微，荣矣而未知。故《道经》曰：‘人心之危，道心之微。’”
“这是古《道经》所言，被《荀子》引用。孔子编撰《尚书》时应该有收录，古文尚书《大禹谟》有此言。”
刘宗周则补充道：
“‘允执厥中’四字，当是来自《论语》。”
“尧曰：‘咨！尔舜！天之历数在尔躬，允执其中。四海困穷，天禄永终。’”
“《大禹谟》十六字心经，与之相互印证。”
这番话语，解决了将来古文尚书被证伪后，波及十六字心经的问题。
同时也表明了古文尚书不全是伪作，至少引用了古人所言。
朱由检很是满意道：
“看来这《古文尚书》，不可能全是伪作啊！”
“朱子的做法，确实很有道理。”
赞扬了朱熹怀疑古文尚书又保留古文尚书的做法，朱由检话题一转，说道：
“不过《古文尚书》到底有争议，孔安国等人编次的篇章，不一定完全符合孔子编撰。”
“所以朕以为，引用有其他古籍验证的部分言语尚可，却不可当作完整篇章学习。”
“《古文尚书》及其注释，就和《尚书大传》等典籍一样，列为选修和参考。”
“《今文尚书》二十八篇，才是必修篇章。”
“如此也是为学习《尚书》减负，希望将来治书经的学子能多点。”
部分保留了古文尚书的地位，却又置于今文尚书之下。
这样将来就算古文尚书被证伪，也不会引起太大波澜。
甚至因为今日这一番辩论，人们会认同古文尚书即使是伪作，文字却部分源自乱简和先秦著作，对古文尚书的研究，仍旧有一定意义。
今后《古文尚书》的地位，就和《尚书大传》差不多，作为仅次于四书五经的典籍。
这种半否定古文尚书的做法，引来很多臣子皱眉。
但是对古文尚书的怀疑是朱熹那时就有的，他们也解释不了梅鷟的质疑。
甚至很多人心中，都像朱熹一样，怀疑古文尚书可能有伪作。对皇帝降低古文尚书地位的做法，他们只能捏着鼻子默认。
大明的书经，最终被定为《今文尚书》，基于蔡氏《书集传》，重新校点注释。